La fondazione del Seminario di Catania risale all'episcopato di mons. Antonio Faraone, precisamente la data dell'atto di fondazione risale al 18 aprile 1572, anche se il vescovo non poté completare l'opera in quanto morì il 29 luglio 1573. Tuttavia l'anno seguente il vicario episcopale comprò la prima casa dove vennero ospitati i primi alunni, sita vicino alla Cattedrale, che crollò nel terribile terremoto del 1693.
Prima della costituzione dei seminari, la formazione dei chierici avveniva nelle Chiese parrocchiali, dove i futuri chierici venivano formati da un sacerdote dotto e pio. Tuttavia il clero era poco formato, incapace di predicare al popolo, aveva una scarsa conoscenza della lingua latina, conosceva a memoria le formule per la celebrazione della Santa Messa. Nell'atto di riforma, il Concilio di Trento pose termine a questa ignoranza del clero, decretando la costituzione di collegi-seminari in tutte le Chiese particolari, anche se di fatto la fondazione dei seminari e il buon funzionamento si avrà solo nei secoli successivi.
Il 15 luglio 1563, alla sessione XXIII del Concilio di Trento venne emanato il decreto Cum adolescentium aetas, che stabilisce la nascita dei seminari. Così il decreto recita: «Siano ammessi in questo collegio quelli che hanno almeno dodici anni e sono nati da legittimo matrimonio, che abbiano imparato a leggere e a scrivere e la cui indole e volontà dia speranza che essi sono disposti ad essere sempre a servizio della Chiesa. [...] Perché, poi, possano essere istruiti più facilmente nella disciplina ecclesiastica, prenderanno subito la tonsura e indosseranno sempre la veste clericale; impareranno la grammatica, il canto, il computo ecclesiastico e le altre conoscenze utili; attenderanno con ogni attenzione allo studio della Sacra Scrittura, dei libri ecclesiastici, delle omelie dei santi, al modo di amministrare i sacramenti, - specie per ascoltare le confessioni, - e impareranno le regole dei riti e delle cerimonie. Il vescovo procuri che ogni giorno assistano al sacrificio della messa; che almeno ogni mese si confessino, e secondo il giudizio del confessore, ricevano il corpo del nostro signore Gesù Cristo e che nei giorni festivi servano in cattedrale e nelle altre chine del luogo».
Gli alunni che abitavano il seminario catanese, al momento della sua nascita, erano un numero esiguo, in quanto la stessa struttura non aveva rendite alte e gli alunni non potevano permettersi il pagamento di vitto ed alloggio, pertanto continuavano la formazione nelle canoniche o frequentavano solo di giorno il seminario; infatti, durante gli episcopati di Marco A. Gussio e Michelangelo Bonadies, l'incidenza del seminario fu insignificante: nel 1655 vivevano in seminario solo 10 bambini. Sappiamo anche che la vita del seminarista nel 1734 era ben strutturata: vi sono regole per la vita spirituale e temporale, momento dello studio presso i gesuiti dove impartivano lezioni di grammatica, retorica, filosofia, teologia speculativa c morale.
Un opera di grande riforma presso il seminario catanese fu attuata dal vescovo Salvatore Ventimiglia, infatti egli lamentava il fatto che nel clero fossero state accolte persone ignoranti, dissolute e prive del patrimonio, nonché della stessa vocazione. Così invitò docenti da Palermo e di altre città della penisola istituendo nuove cattedre: teologia dogmatica e morale, filosofia, geometria, sacra eloquenza, lettere latine e greche. I docenti fecero del seminario un'istituzione culturale tanto che la stessa struttura possedeva una propria tipografia che poteva gareggiare con l'Università. Proprio in questo periodo fu anche arricchito il patrimonio librario della "Biblioteca Agatina" del seminario, che già conteneva preziosi volumi appartenuti al can. G. B. De Grossis, donati nel 1688.
Successivamente il vescovo Corrado M. Deodato istituì anche una cattedra di diritto canonico. Furono anni di grande splendore del seminario catanese.
Era ancora uso che alcuni seminaristi vivessero a casa per motivi vari (anche economici). Questi venivano chiamati foristi, seguivano le lezioni, la S. Messa, gli esercizi di pietà durante il giorno e la sera facevano rientro nelle proprie case. Questa prassi fu in uso fino ai primi decenni del '900.
Il seminario affrontò varie vicissitudini, più volte è stato chiuso,ma riaperto negli anni successivi.
Tra le tante calamità naturali ricordiamo il terremoto del 1693 che distrusse il seminario, costruito nel 1610 accanto al vecchio sito della chiesa di S. Mattino dei Bianchi. L'incameramento dei beni ecclesiasti del 1847 ad opera dei Borbone ha sottratto parte dell'antico Palazzo dei Chierici, costruito nei primi del '700 dal vescovo Andrea Riggio sulle mura della città, per farne una caserma militare. I seminaristi ormai da tempo numerosi, furono accomodati nella parte nord del restante Seminario. A partire dal 1943 a causa del II conflitto mondiale i seminaristi lasciarono il Seminario vicino alla Cattedrale (verrà distrutto dai bombardamenti), per stabilirsi presso il Seminario estivo di San Giovanni la Punta, fatto costruire dal vescovo rettore Antonino Caft, inaugurato nel 1881 ed ampliato negli anni 1932-33, fino alla costruzione dell'attuale Seminario inaugurato il 15 agosto del 1951.
Il Concilio Vaticano II si occupò anche della formazione dei futuri chierici, promulgando il 28 ottobre 1965 il decreto Optatam Totius, dove vengono espressi gli orizzonti educativi del seminario: retta intenzione, approfondita vita spirituale, senso d'obbedienza alla Chiesa, educazione alla castità, dominio di sé, tirocinio pastorale, studio filosofico e teologico, nonché l'attenta educazione allo spirito missionario.
L'arcivescovo Domenico S. Picchinenna volendo recepire quanto il concilio aveva auspicato, nel 1987 pubblicò il nuovo regolamento del Seminario maggiore d Catania, strutturando la formazione in quattro pilastri fondamentali: formazione spirituale ed umana, formazione filosofica e teologica, vita comune, esperienza pastorale, rielaborando e facendo propri tutti gli enunciati del decreto citato.
Attualmente il nostro Seminario offre una formazione piena e integrale; la formazione filosofica e teologica è affidata dal 1969 allo Studio Teologico San Paolo, sito nella stessa struttura del Seminario così anche la formazione umana e spirituale è curata dai direttori spirituali. Lo svolgimento della vita comunitaria ed incontri interni ai seminaristi sono organizzati dallo stesso rettore.
